1) Неправильная маркировка блоков на блок-схеме. Сравните положение блоков с верхней и левой линейками.
2) У главы 3.1 и приложений неправильное форматирование в содержании.
3) У таблицы на 42 странице неправильная нумерация.
Исправить. Перезаливать работу не нужно