1. ну во первых сохрани конфигурацию что у тебя там получлиось, через конфигурацию сохранить
2. в твоем обработчике сделай не перепроведение документов расхода, а очистку суммовых колонок в регистре себестоимости у докумнетов расхода через набор записей с отбором по регистратору, а в обработчиках проведения расходов тоже убери рассчет себестоимости, только запись количества оставь.
3. сделай обработку в которой будет выборка периода и кнопка рассчитать себестоимость, по ней нужно отобрать документы расхода, отсортировать и рассчитать себестоимость построчно
