1) Не настроена нумерация страниц.
2) С 1 главы нет форматирования текста и названий глав (абзацев и отступов). См. пример готового КП.
3) Жирный шрифт используется только для выделения названий глав/подглав. В сплошном тексте его не используют.
4) Убедитесь, что страницы КП заняты текстом минимум наполовину. Если подглава заканчивается небольшим абзацем на новой странице, уменьшите рисунки в этой главе и т.п., чтобы текст сдвинулся.
5) IDEF0 вставлять в работу вместе с внешними рамками, где прописываются названия и ноды диаграммы.
6) Я говорил, что названия блоков IDEF0 начинаются с глагола. До А1 у вас с этим все нормально.
7) Межстрочный интервал по тексту везде должен быть 1,0.
8) Для каждой таблицы er-диаграммы в 3 главе нужно расписать таблицу формата Название параметра|Тип данных|Назначение.